Papa Luciani si spense presumibilmente tra le ore 23:00 del 28 settembre 1978 e le ore 5:00 del 29 settembre, nel suo appartamento privato a causa di un infarto miocardico. Secondo un comunicato ufficiale della Santa Sede, poco prima di morire, il papa era sbiancato in volto, quando aveva saputo del giovane Ivo Zini assassinato a Roma.

Per molte ore, il giorno dopo la sua morte, una gran folla di fedeli continuò a sfilare davanti alla sua salma, sotto gli affreschi della sala Clementina, nonostante il brutto tempo. Nei giorni immediatamente successivi alla morte, venne chiesto invano da una parte della stampa di effettuare l’autopsia sul corpo del papa, richiesta respinta dal collegio cardinalizio in quanto non prevista dal protocollo. Papa Luciani riposa nelle Grotte Vaticane dal 4 ottobre 1978.

In appena trentatré giorni di pontificato non riuscirono a preparare l’anello del pescatore per papa Luciani. Lui utilizzò l'”anello del Concilio” (fatto fare da papa Paolo VI per tutti i padri conciliari che parteciparono al Concilio Vaticano II) e fu sepolto con lo stesso anello.

Teorie alternative sulla morte

Alcuni mesi dopo iniziarono a circolare alcune ipotesi alternative sulla sua morte.

A fare scalpore fu soprattutto la teoria sviluppata dal giornalista investigativo britannico David Yallop sei anni dopo, nel best seller In nome di Dio, in cui l’autore ipotizza un omicidio a sfondo politico ad opera di alcuni cardinali che si opponevano agli interventi di riforma programmati da papa Luciani (in particolare quella dello I.O.R. – Istituto Opere Religiose – allora gestito da Paul Marcinkus) e all’apertura verso la contraccezione.

Le dichiarazioni del pentito di Cosa Nostra Vincenzo Calcara hanno successivamente alimentato questa tesi, benché prive ad oggi di riscontri oggettivi. La teoria di Yallop è stata respinta da diversi autori.